Beim Einfrieren im Gefrierschrank bilden sich Eiskristalle aus dem Wasser in den Früchten. Dadurch wird zumindest ein Teil der Zellstruktur der Früchte zerstört. Das ist auch der Grund warum die Früchte nach dem Auftauen nicht mehr fest sind. Es ist zwar nicht ausgeschlossen, dass Samen aus gefrorenen Chilis noch keimen, aber die Keimquote fällt oft sehr schlecht aus.