Im Allgemeinen lassen sich Paprika- und Chilisorten leicht kreuzen. Es ist möglich verschiedene Capsicum-Arten untereinander zu kreuzen. Eine Ausnahme ist dabei die Art Capsicum pubescens, die sich nur sehr schwer mit anderen Arten kreuzen lässt. Capsicum baccatum lässt sich zwar mit anderen Arten kreuzen, aber es entstehen oft nur sterile Hybride. Sterile Hybriden entwickeln entweder keine Samen, oder die Samen sind nicht keimfähig.
| Art | C. annuum | C. chinense | C. frutescens | C. baccatum | C. pubescens |
| C. annuum | leicht | leicht | teilweise | schwer | nie |
| C. chinense | leicht | leicht | teilweise | schwer | nie |
| C. frutescens | teilweise | teilweise | leicht | schwer | nie |
| C. baccatum | schwer | schwer | schwer | leicht | nie |
| C. pubescens | nie | nie | nie | nie | leicht |
