Sofern die Wurzeln der Chilipflanzen keine Staunässe haben, faulen die Wurzeln nicht. In den meisten Fällen kommt die Verfärbung des Wassers im Untersetzer vom Dünger und von Stoffen, die mit dem austretenden Wasser aus der Erde ausgeschwemmt werden. Bakterien zersetzen die ausgeschwemmten Stoffe. Das führt zur Geruchsbildung. Die Geruchsbildung kann bei Verwendung von organischen Düngern und Dünger auf Vinasse-Basis häufiger auftreten als bei mineralischen Düngern.